実際に　not .. again を使う状況を考えてみましょう。


夜，納豆を食べると体にいいからと言って，このところ毎晩納豆を食べさせられる。
今日こそは別のごちそうと思ってテーブルを見たらまた納豆。
そんなとき口から出たのは　Not natto again!
その時の気持ちは


I don't want to see natto again. 　納豆なんて二度と見たくもない。
I don't want to eat natto again.　納豆なんて二度と食べたくない。
Don't serve me with natto again.  納豆なんて二度と出さないでほしい。


といった感じではないでしょうか。


Not you again が発せられる状況としてインターネットで拾った実例を表します。


There was a knock on the door. It was the man from Microsoft.
"Not you again," I said.
"Sorry," he said, a little sheepishly. "I guess you know why I'm here."
ドアのノックがあった。　それはマイクロソフトからの例の男だった。
「またあなたですか」と私は言った。
「申し訳ありません」かれはちょっとおどおどと言った。
「私が来た理由はお分かりだと思いますが。。」


この場合「私」が　Not you again. と言った気持ちは


I hoped I would not see you again, but in fact you are here.
またあたなに会わないことを望んだのに実際はあなたは来ていた。　


I didn't want to see you again.
あなたに２度と会いたくなかった。


I hoped it was not you that came to me again.
再び私のところに来るのがあなたでないことを望んだ。


I dont't want to see again.
（これから先）２度とあなたに会いたくない。


などが考えられます。　It is ..that の強調構文にして
I was not yout that I wanted to see again. などとしてもいいでしょう。


このように　Not 〜. again は省略構文で，　その省略部はいろいろ考えられます。
したがって　not が否定されるのもいろいろになるので一概に言えないのですが，　この説明で解決しましたでしょうか。