> The boy denies having stolen the money.
> 節に書きかえると、
> the boy denies that he stole the money.
> （その少年はお金を盗んだことを否定した）
>
> このように参考書には書かれてあるのですが、「その少年はお金を
> 盗んだことを否定する」ではないのですか？
> 現在形になっているので、「否定した」は違うと思うのですが…。


その通りです。　単純な参考書側のミスです。


> 若干、日本語がおかしいような気もしますが、


「その少年はお金を盗んだことを否定している。」とすればしっくり行くと思います。　
進行形＝「〜している」ということではないので，　進行形でなくても日本語で「〜
している」としても構いません。
例：
(1) My son goes to a private high school in Tokyo.
私の息子は東京の私立高校に通っている。
(2) I know the capital of Austalia is Canberra, not Sydney.
オーストラリアの首都がシドニーではなくキャンベラであることは私だって知っています。
(3) The weather forecast says it will rain tomorrow.
天気予報は明日雨だと言っている。


(1) は習慣　（2）は状態動詞　（3）は動作動詞が状態動詞に近い意味で使われてい
る例。　今回の　denies は（３）と見れば良いと思います。


そもそも日本語が「時制」ではなく，完了相と未完了相という「相」の概念でできて
いる言語なので，　「進行形＝している」という単純な一致はできません。　だから
時制の訳し方も多少融通がきいて良いと思います。　ただ今回の　denies の件につ
いては参考書側の見落としだと思います。