日本語の「はい」は「あなたの言う通り」という意味であり一方
英語の　Yes は動詞が肯定文であることを示しています。
だから否定の命令文に対しても付加疑問であっても
「します」「しましょう」と肯定するなら　Yes と言えばいいし，
逆に「しません」「やめましょう」なら　No と言えばいいでしょう。

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インターネットで見つけた例1：
どうやらコンピュータ関係のフォーラムらしく，　上段の投稿に対し
下段が答えている。　専門用語なので内容はわからないが，　文の流れから
上段の　「今日はやめよう」 という提案に対して下段の投稿者は
「いや，やろう」と言っているようである。

> Privacy specification that says that in order to reference a privacy
> preference file from XML, you have to put a URL ... no let's not do that
> today.

Well yes, let's.  If you grant the basic XML design pattern of using
elements for repeating whatevers, then you can add the output of as many
more WGs as you want without busting your design.  You can even add
links to the links if you need to.

インターネットで見つけた例2：
Michael が「動くな」と Amy に命令し強迫している場面。第2段落の　Amy の言葉　
"No...no. I won't は　Don't move に対する答えの部分。

"Don't move!!" He yelled at her, his voice making the walls vibrate. Amy
slumped against the wall, breathing hard with Michael's foot on her stomach.
"You fucking bitch. I told you not to come here, but you didn't listen to
me. I should show you what you did to Maria...to your DAUGHTER! I should do
exactly what you did to her, what do you think? Should I leave you bleeding
on the sidewalk? Should I turn your whole body black and blue!? 'Cause I can
do that, no problem! What's it gonna take for you to learn that you can't DO
that to people? To your own flesh and blood? Maybe I should just tear your
fucking throat out." Amy gasped beneath him.

"No...no. I won't...I won't...I swear, just...don't...don't hurt me." She
tried not to look into Michael's eyes, black with rage as they were.

インターネットで見つけた例３：
上記の場面のつづき。 Maria が　Michael に　Amy を傷つけないよう頼んでいる。
Maria の　Just don't hurt her という命令に　Michael は　OK, I won't と答えて
いる。
No, I won't ではなく　OK と言っているのは　Maria の希望を受け入れたため。

"Please don't do anything."
"What do you want me to do, Maria?"
"Just don't hurt her...too badly."
"OK, I won't." He put his foot on the ground..

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なお否定の命令文への付加疑問文は　will you? だけです

Help me, will you?　正
Help me, won't you?　正
Don't touch me, will you? 正
Don't touch me, won't you? 誤

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she said nothing about what he had talked about.　
を間接疑問文と見ることは可能です。
ただ関係代名詞節とは状況が違ってくるでしょう。

関係代名詞なら
「彼が話していたことに対して彼女は何も言わなかった」
つまり彼の話に対しての感想を何も言わなかったということでしょう。
間接疑問文なら
「彼が何について話したかに対して彼女は何も言わなかった」
つまり「彼は何について話したのですか」と質問を無視して
黙っていたという状況に取ることができます。